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IP类实验代测的介绍
更新时间:2024-01-04   点击次数:178次

IP类实验代测的介绍

 

免疫共沉淀(Co-IP 蛋白与蛋白)

免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 当细胞在非变性条件下被裂解时,完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在agarose beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白,那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离,对B蛋白进行检测,进而证明两者间的相互作用。 这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的,符合体内实际情况,得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合;也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。

CHIP实验(DNA-蛋白相互作用)
染色质免疫沉淀技术的原理是:在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理将染色质切为小片段后,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,染色质断裂,染色质免疫沉淀,交联反应的逆转,DNA的纯化,以及DNA的鉴定。因为ChIP实验涉及的步骤多,结果的重复性较低,所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照,而且对结果的分析也需要有一定的经验。对于刚刚开始使用ChIP技术的研究人员来说,使用成熟的商品化试剂盒和相关的技术服务会达到事半功倍的效果。

Clip实验(RNA-蛋白相互作用
核小体组蛋白可以发生多种翻译后的共价修饰,如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等,这些共价修饰与真核基因的表达密切相关。根据“组蛋白密码"假说,组蛋白的各种共价修饰的组合会以协同或拮抗的方式诱导特异的下游生物学功能,因此,ChIP也为研究组蛋白修饰在基因表达中的作用,全面阐明真核基因的表达调控机制提供了强有力的研究工具。
该技术主要应用于:
1.组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记"
2.转录调控分析
3.药物开发研究
4.有丝分裂研究
5.DNA损失与凋亡分析

RIP技术(RNA结合蛋白免疫沉淀)
RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip,帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。
RIP 实验基本原理: 1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。 2. 防止非特异性的RNA的结合。 3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。 4.结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。 延伸阅读:95%的人类基因组并不编码基因,而是产生大量的非编码RNA,真正编码蛋白质的基因只占人类总基因组的约2%。这些非编码RNA在生命的生长发育的各个阶段都发挥着重要的调节作用,与艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多种病变密切相关,并且参与着干细胞和表观遗传学调控。

MeRIP-PCR(m6A RNA甲基化)
MeRIP-Seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing)结合RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术,可实现全转录组水平上RNA甲基化分析。由于甲基化修饰约占所有RNA修饰的60% 以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A),作为最常见的一种转录后修饰,介导了超过80%的RNA甲基化。基于MeRIP-Seq分析RNA甲基化模式,加速了癌症发生和转移、胚胎发育、脂类代谢、环状RNA翻译和DNA损伤修复等生物学功能和作用机制的研究。

服务类型如下:
免疫共沉淀(Co-IP 蛋白与蛋白)
CHIP实验(DNA-蛋白相互作用)
RIP技术(RNA结合蛋白免疫沉淀)
Clip实验(RNA-蛋白相互作用)
MeRIP-PCR(m6A RNA甲基化)

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