刚果红（Congo Red,简称CR）是一种燃料，他可与像纤维素这样的多糖物质形成红色复合物，但并不和纤维素水解后的产物如纤维二糖或葡萄糖发生这种显色反应，当我们在含有纤维素的培养基中加入刚果红时，刚果红能与培养基中的纤维素形成红色复合物。当纤维素被纤维素分解菌分泌的纤维素酶分解后，刚果红-纤维素的复合物就将无法形成，从而在培养基中形成以纤维素分解菌为中心的透明圈，这样我们就可以通过是否产生透明圈来筛选纤维素分解菌。      
   常用的刚果红染色法有两种

方法一:
先培养微生物，再加入刚果红进行颜色反应
在长出菌落的培养基上，覆盖质量浓度为1 mg/mI。的CR溶液，10～15 min后，倒去CR溶液，加入物质的量浓度为l mol/l的NaCI溶液，15 min后倒掉NaCl溶液，此时，产生纤维素酶的菌落周围将会出现透明圈。
（加NaCl的原因：刚果红是结合到培养基的多糖底物，但分解纤维素的细菌可以产纤维素酶，能分解这个多糖底物成为寡糖，这样刚果红就不能结合上去了，氯化钠就可以使结合不牢的刚果红洗去，这样就留下大小不一的透明圈，大的透明圈分解纤维素的能力就强）

方法二:
在倒平板时就加入刚果红
配制质量浓度为10 mg/mI的CR溶液，灭菌后，按照每200 mI。培养基加入1 mI。的比例加入CR溶液，混匀后倒平板。等培养基上长出茵落后，产生纤维素酶的菌落周围将会出现明显的透明圈